Я из тазика стараюсь вынимать, по возможности, представителей видов, а не родов (поскольку толком не знаю, что это такое, и на всякий случай стремлюсь к более точному определению объекта), а виды, повторюсь, эти господа не трогали.

Что до возможностей в каком-то абстрактном случае.. Использовать молекулярные маркеры для определения дорого, но можно. Превращение метода в рутинный для многих морфологических близнецов уже превратилось (например, для Mytilus trossulus и M. edulis), для более простых и менее требовательных случаев, может быть, - вопрос времени. Опять же исследователя не следует винить в том, что его данные оказываются неудобными для других.

Вы ведь согласились с утверждением, что система должна отражать филогенез. Если нет - совсем другой разговор.