Ламинария больше не Laminaria?

[prokhozhyj]

      Сугубая биология.

      Узнал тут, что гг. молекулярщики в очередной раз развалили род, на сей раз Laminaria, и обычнейшая беломорская Laminaria saccharina теперь вовсе даже Saccharina latissima (а вот L. digitata так ламинарией и осталась). Может, для альгологов это и не новость, но вот... Не люблю молекулярщиков в систематике.

 *
      Первоисточник (via hydrola.ru): Lane Е.С., Mayes C., Druehl L.D., Saunders G.W. 2006. A multi-gene molecular investigation of the kelp (Laminariales, Phaeophyceae) supports substantial taxonomic re-organization // Journal of Phycology. 42 (2): 493–512.

      P.S. Может кто-нибудь добраться до PDF?  Спасибо, прислали! :)
 

Comments

[vigna.livejournal.com]

Я попытаюсь с работы добраться. К части блэквелловского контента у нас есть доступ.

[prokhozhyj.livejournal.com]

Спасибо, было бы здорово :)

[vigna.livejournal.com]

Vse, skachala. A kakoj e-mail u tebya?

[prokhozhyj.livejournal.com]

Спасибо, отбой, c molbiol.ru прислали :) (честно говоря, не думал, что там выгорит, всё-таки не по профилю). Ещё раз спасибо!

[http://users.livejournal.com/_hellmaus_/]

На Молбиол.РУ удивительно широкая подборка журналов, из которых шлют статьи. Мне присылали даже из Astrobiology.

[vigna.livejournal.com]

Дык подписка-то обычно не к конктерным журналам, а к издательствам. У нас в корпусе тоже есть доступ к этому Journal of Phycology, хотя "фикологов" и нету.

[esqwe.livejournal.com]

Я тут смотрю - у них тут масса подобных выкрутасов. Они изменяют систематику абсолютно всех-от моих ненаглядных бабочек до каких-то растений.. Статей на эту тему аж 102 штуки...

[amperima.livejournal.com]

Интересно, а что же морфологи думают на эту тему?

Пдф хоть сейчас могу прилать - адреса нет ))

[prokhozhyj.livejournal.com]

Отбой, прислали :)

[prokhozhyj.livejournal.com]

А что морфологи думают – не знаю, я ж не альголог...

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

С чисто практической точки зрения, все претензии к номенклатуре, бинарной в особенности. То, что Laminaria digitata - типовой вид в роде, хочется надеяться, придумали не молекулярные систематики. Молекулярная биология виновата лишь в том, что позволила работать с признаками, которые очень нетрудно использовать для филогенетических построений. А то ведь можно и Вилли Хеннига не любить за то, что он предложил неинтуитивные принципы систематики.

[vigna.livejournal.com]

Некоторые таки именно за это и не любят! Мой диплом-курсовой шеф, например. Ненавидит кладистику, гооврит, что всё это сплошной формализм.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

'Formal' is polysemantic word, isn't it? So this is not surprise that 'formal method' has easily got incorrect interpretation in course of transcription.

[prokhozhyj.livejournal.com]

>Молекулярная биология виновата лишь в том, что позволила работать с признаками, которые очень нетрудно использовать для филогенетических построений.

И получаем:

"Our data support two distinct clades in Laminaria, each including species with diverse morphologies. None of the traditionally emphasized taxonomic features of sporophyte morphology clearly separate these two groups" (op. cit., p. 507).

Вот за это и не люблю.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Разве автор статьи опровергают старые морфологические различия видов порядка и утверждают, что единственный способ узнать, кто лежит в тазике, начинается с экстракции ДНК? Работа всего лишь подкрепляет новую гипотезу о филогении внутри Laminariales "неморфологическими" признаками. Не они, повторюсь, придумали, что любая новая филогенетическая гипотеза должна сопровождаться костюмированным представлением с переодеваниями и разоблачениями тем более масштабными, чем радикальнее она отличается от предшествовавшей.

P.S. Прошу прощения за парное уведомление: перепутал квадратные и рубленые скобки в теге.

[prokhozhyj.livejournal.com]

Зато они различают роды, не имеющие морфологических отличий. И к какому из них прикажете относить обнаруженный в тазике новый вид, буде таковой случится? Не случайно им пришлось на кривой козе объезжать Кодекс и возвращать из небытия давно почившую Saccharina: при попытке просто учредить новый род предложить требуемый Кодексом диагноз оного они бы не смогли.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Может быть, у нас позиции просто разные, и Вы просто не согласны с теми установками, из которых я исхожу?

В настоящее время принято, что система (продукт систематики) должна реконструировать филогенез. При этом тот, кто выдвигает новую филогенетическую гипотезу, должен предлагать и соответствующие изменения в системе. Правила, согласно которым производят преобразования в системе, содержатся в международном кодексе номенклатуры той группы, к которой автор гипотезы относит свой объект.

Есть ли у Вас принципиальные возражения?

[prokhozhyj.livejournal.com]

На данном этапе – нет.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Что-то я отвлёкся.. Признаки, по которым реконструируют филогенез, не должны быть непременно морфологическими. "Молекулярные" апоморфии ничуть с точки зрения филогенетики не хуже, чем какие-нибудь этологические, хотя для идентификации особи из тазика не очень удобны. Опять же: никто не мешает смотреть на другие признаки или возражать авторам гипотезы. Карусель с названиями - гениальное наследие Линнея, который, кажется, видел какую-то особенную сущность за рангом genus, и результат ботанических конгрессов по вопросам систематики с запретом на тавтономию. Поскольку за надвидовыми рангами никаких особенных смыслов не стоит, единственное, что, наверное, могли сделать Lane сотоварищи - какой-то другой кладе придать ранг рода. L. saccharina от этого бы ламинарией не осталась, скорее всего. А диагноз, наверное, следует понимать в двадцать первом веке как-то иначе, чем кусок ключа. Мне видится достойным - обоснование выделения группы.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Признаки, по которым реконструируют филогенез, не должны быть непременно морфологическими.

Отлично. Реконструировали по не-морфологии. Получили 2 или 3 или сколько там групп.

> Опять же: никто не мешает смотреть на другие признаки...

Именно-с! А они – не смотрят-с!

Если полученные клады действительно представляют собой филогенетически цельные независимые группы, то морфологические различия между ними должны быть. Ну не может быть абсолютной конвергенции, чудес не бывавет. Значит, их надо искать и найти, а пока они не найдены, мы имеем не работу, а халтуру. Особенно если данная работа не говорит, что, мол, господа систематики, тут вот вроде бы клады вырисовываются, взглянули бы вы на них повнимательнее, а именно что непосредственно учреждает новые рода. Тут уж будьте добры пошевелиться и морфологию поискать, а не говорите, что нынче и без неё хорошо. Сами не умеете – морфолога в группу позовите.
Это если мы имеем действительно хорошо развалившиеся и устоявшиеся группы. А если молекулярка ловит самое начало процесса расхождения ближайших родственников, ещё действительно недоросшее до видимых различий, то стоит очень крепко подумать: а есть ли необходимость при таком раскладе дробить род?

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

А откуда следует, что макроморфология бурых достаточно консервативна для возникновения устойчивых отличий?

[prokhozhyj.livejournal.com]

Но ведь для очерчивания прежнего рода её консервативности хватало?

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Что значит "хватало"? Прежний род - другая гипотеза, которая не объясняет имеющихся различий первичной структуры ДНК. Если Вам не нравятся признаки на основании которых производят реконструкции, смею Вас расстроить: формальных алгоритмов не существует, каждый волен выбирать те признаки, которые считает достойными. При этом, как правило, плохо и субъективно формализуемая морфология не имеет никаких преимуществ перед порой хорошо формализуемой молекулярной биологией.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Плохо и субъективно формализуемая морфология не имеет никаких преимуществ перед порой хорошо формализуемой молекулярной биологией

Но без неё, увы, невозможен разбор проб в том самом тазике.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Я из тазика стараюсь вынимать, по возможности, представителей видов, а не родов (поскольку толком не знаю, что это такое, и на всякий случай стремлюсь к более точному определению объекта), а виды, повторюсь, эти господа не трогали.

Что до возможностей в каком-то абстрактном случае.. Использовать молекулярные маркеры для определения дорого, но можно. Превращение метода в рутинный для многих морфологических близнецов уже превратилось (например, для Mytilus trossulus и M. edulis), для более простых и менее требовательных случаев, может быть, - вопрос времени. Опять же исследователя не следует винить в том, что его данные оказываются неудобными для других.

Вы ведь согласились с утверждением, что система должна отражать филогенез. Если нет - совсем другой разговор.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Я из тазика стараюсь вынимать, по возможности, представителей видов, а не родов

Родовое название является неотъемлемой частью биномена.

> Вы ведь согласились с утверждением, что система должна отражать филогенез

...и быть при этом работоспособной.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Да. Родовое название - неотъемлемая часть биномена. Это тяжёлое наследие номенклатурного характера. Оно удобно только для систематиков: делает борьбу их невидимого фронта более заметной для окружающих. Подавляющее большинство прямо или косвенно опрошенных мною биологов считают, что изучают не названия, а сущности. Никто ещё не объяснил мне убедительно, что стоит за каким-либо рангом таксона (за исключением вида в биологической концепции).

Работоспособность - странная штука. Система как таковая не работает, работают с ней. Работать, очевидно, можно по разному. Можно из системы извлекать "предсказания" о филогенезе, можно с её помощью ускорять поиск информации об интересующем объекте. Кто-то может ориентироваться на систему в качестве ориентира к поиску сходств, которые, наверное, как-то должны быть связаны с происхождением. Последнее применение не самое надёжное, но самое заманчивое. Если я затронул вопросы, не имеющие отношения к Вашему возражению, ответьте себе, что существеннее для Вас удобство системы или филогенетическая правдивость. Представьте, что возникает конфликт между двумя основополагающими принципами. В зависимости от того, в чью пользу Вы его разрешаете, остаётся один тот или иной руководящий принцип. Интуиции - скверный способ что-то доказывать: они у разных исследователей разные. Международные кодексы номенклатур очень разумно и не случайно не касаются того, как нужно систематизировать, в этих вопросах апелляции к ним бессильны.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Да. Родовое название - неотъемлемая часть биномена. Это тяжёлое наследие номенклатурного характера. Оно удобно только для систематиков: делает борьбу их невидимого фронта более заметной для окружающих. Подавляющее большинство прямо или косвенно опрошенных мною биологов считают, что изучают не названия, а сущности.

Возвращаемся к долиннеевским временам?

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Нет. К постхенниговским. Я, наверное, слишком мало знаю о том, что привнёс в этот мир Линней, но я, может быть, слишком много времени у Вас отнимаю, коли получаю односложные ответы-намёки. Из них я не понимаю, в чём заключается долиннеевскость взглядов, которые я излагаю. Если для Вас этот разговор совсем непродуктивен и неинтересен, можно в любой момент его завершить.

[prokhozhyj.livejournal.com]

Да как-то с тем, что биноменальные названия – это одно из крупнейших достижений Линнея, позволившее превратить систематику из каши – в систематику, не спорит, по-моему, никто. То-есть, извиняюсь, не спорил последние 300 лет: теперь они, оказывается, "тяжёлое наследие номенклатурного характера".

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Ну, положим, биномен - не изобретение Линнея. Или Вы достижением называете популяризацию? Я уже писал про то, чем неудобен биномен, включающий в себя родовое название (а почему бы не название семейства? забываем о том, где был Латрейль при выходе соответствующего издания). А спорить с тем, что биномены сыграли ключевую роль в систематизации каши, бессмысленно: обе позиции спекулятивны. Кроме того, необратимые издержки, какими бы они ни были, не должны влиять на последующие решения. Допустим, в восемнадцатом веке без родового названия в видовом было не обойтись. Расскажите, пожалуйста, какой прок в нём в двадцать первом веке? Ответ, так или иначе сводящийся к тому, что переход к чему-то иному потребует очень больших усилий, не подходит: именно это я и называю наследием.

[prokhozhyj.livejournal.com]

 "Весь мир насилья мы разрушим
 До основанья, а затем..."

Что "затем", правда, не очень понятно...

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Это значит, что ответа я здесь не получу?

Я, между тем, никому не предлагаю рушить весь мир, а только лишь проверяю, насколько последовательны люди в своих взглядах. При этом разрушить можно только мировосприятие тестируемого. Тоже мир, скажет кто-то. Вы ведь не сомневаетесь в своём?

[prokhozhyj.livejournal.com]

А это был не ответ?

Нет, рушить весь мир, конечно, не предлагается. Только 300-летнию систематику, на которой соит современная... ну хорошо, не вся биология... допустим, макробиология, назовём её так. И я так и не понял, что предлагается взамен.

И причём тут мои взгляды? Вы желаете иметь суп из неидентифицируемых объектов – и в случае успеха имеете все шансы его получить. Вот дорастёт доля таких статей, как эта, про ламинарии, до некоего критического уровня – и получите.