Ламинария больше не Laminaria?

[prokhozhyj]

      Сугубая биология.

      Узнал тут, что гг. молекулярщики в очередной раз развалили род, на сей раз Laminaria, и обычнейшая беломорская Laminaria saccharina теперь вовсе даже Saccharina latissima (а вот L. digitata так ламинарией и осталась). Может, для альгологов это и не новость, но вот... Не люблю молекулярщиков в систематике.

 *
      Первоисточник (via hydrola.ru): Lane Е.С., Mayes C., Druehl L.D., Saunders G.W. 2006. A multi-gene molecular investigation of the kelp (Laminariales, Phaeophyceae) supports substantial taxonomic re-organization // Journal of Phycology. 42 (2): 493–512.

      P.S. Может кто-нибудь добраться до PDF?  Спасибо, прислали! :)
 

Comments

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Разве автор статьи опровергают старые морфологические различия видов порядка и утверждают, что единственный способ узнать, кто лежит в тазике, начинается с экстракции ДНК? Работа всего лишь подкрепляет новую гипотезу о филогении внутри Laminariales "неморфологическими" признаками. Не они, повторюсь, придумали, что любая новая филогенетическая гипотеза должна сопровождаться костюмированным представлением с переодеваниями и разоблачениями тем более масштабными, чем радикальнее она отличается от предшествовавшей.

P.S. Прошу прощения за парное уведомление: перепутал квадратные и рубленые скобки в теге.

[prokhozhyj.livejournal.com]

Зато они различают роды, не имеющие морфологических отличий. И к какому из них прикажете относить обнаруженный в тазике новый вид, буде таковой случится? Не случайно им пришлось на кривой козе объезжать Кодекс и возвращать из небытия давно почившую Saccharina: при попытке просто учредить новый род предложить требуемый Кодексом диагноз оного они бы не смогли.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Может быть, у нас позиции просто разные, и Вы просто не согласны с теми установками, из которых я исхожу?

В настоящее время принято, что система (продукт систематики) должна реконструировать филогенез. При этом тот, кто выдвигает новую филогенетическую гипотезу, должен предлагать и соответствующие изменения в системе. Правила, согласно которым производят преобразования в системе, содержатся в международном кодексе номенклатуры той группы, к которой автор гипотезы относит свой объект.

Есть ли у Вас принципиальные возражения?

[prokhozhyj.livejournal.com]

На данном этапе – нет.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Что-то я отвлёкся.. Признаки, по которым реконструируют филогенез, не должны быть непременно морфологическими. "Молекулярные" апоморфии ничуть с точки зрения филогенетики не хуже, чем какие-нибудь этологические, хотя для идентификации особи из тазика не очень удобны. Опять же: никто не мешает смотреть на другие признаки или возражать авторам гипотезы. Карусель с названиями - гениальное наследие Линнея, который, кажется, видел какую-то особенную сущность за рангом genus, и результат ботанических конгрессов по вопросам систематики с запретом на тавтономию. Поскольку за надвидовыми рангами никаких особенных смыслов не стоит, единственное, что, наверное, могли сделать Lane сотоварищи - какой-то другой кладе придать ранг рода. L. saccharina от этого бы ламинарией не осталась, скорее всего. А диагноз, наверное, следует понимать в двадцать первом веке как-то иначе, чем кусок ключа. Мне видится достойным - обоснование выделения группы.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Признаки, по которым реконструируют филогенез, не должны быть непременно морфологическими.

Отлично. Реконструировали по не-морфологии. Получили 2 или 3 или сколько там групп.

> Опять же: никто не мешает смотреть на другие признаки...

Именно-с! А они – не смотрят-с!

Если полученные клады действительно представляют собой филогенетически цельные независимые группы, то морфологические различия между ними должны быть. Ну не может быть абсолютной конвергенции, чудес не бывавет. Значит, их надо искать и найти, а пока они не найдены, мы имеем не работу, а халтуру. Особенно если данная работа не говорит, что, мол, господа систематики, тут вот вроде бы клады вырисовываются, взглянули бы вы на них повнимательнее, а именно что непосредственно учреждает новые рода. Тут уж будьте добры пошевелиться и морфологию поискать, а не говорите, что нынче и без неё хорошо. Сами не умеете – морфолога в группу позовите.
Это если мы имеем действительно хорошо развалившиеся и устоявшиеся группы. А если молекулярка ловит самое начало процесса расхождения ближайших родственников, ещё действительно недоросшее до видимых различий, то стоит очень крепко подумать: а есть ли необходимость при таком раскладе дробить род?

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

А откуда следует, что макроморфология бурых достаточно консервативна для возникновения устойчивых отличий?

[prokhozhyj.livejournal.com]

Но ведь для очерчивания прежнего рода её консервативности хватало?

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Что значит "хватало"? Прежний род - другая гипотеза, которая не объясняет имеющихся различий первичной структуры ДНК. Если Вам не нравятся признаки на основании которых производят реконструкции, смею Вас расстроить: формальных алгоритмов не существует, каждый волен выбирать те признаки, которые считает достойными. При этом, как правило, плохо и субъективно формализуемая морфология не имеет никаких преимуществ перед порой хорошо формализуемой молекулярной биологией.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Плохо и субъективно формализуемая морфология не имеет никаких преимуществ перед порой хорошо формализуемой молекулярной биологией

Но без неё, увы, невозможен разбор проб в том самом тазике.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Я из тазика стараюсь вынимать, по возможности, представителей видов, а не родов (поскольку толком не знаю, что это такое, и на всякий случай стремлюсь к более точному определению объекта), а виды, повторюсь, эти господа не трогали.

Что до возможностей в каком-то абстрактном случае.. Использовать молекулярные маркеры для определения дорого, но можно. Превращение метода в рутинный для многих морфологических близнецов уже превратилось (например, для Mytilus trossulus и M. edulis), для более простых и менее требовательных случаев, может быть, - вопрос времени. Опять же исследователя не следует винить в том, что его данные оказываются неудобными для других.

Вы ведь согласились с утверждением, что система должна отражать филогенез. Если нет - совсем другой разговор.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Я из тазика стараюсь вынимать, по возможности, представителей видов, а не родов

Родовое название является неотъемлемой частью биномена.

> Вы ведь согласились с утверждением, что система должна отражать филогенез

...и быть при этом работоспособной.

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Да. Родовое название - неотъемлемая часть биномена. Это тяжёлое наследие номенклатурного характера. Оно удобно только для систематиков: делает борьбу их невидимого фронта более заметной для окружающих. Подавляющее большинство прямо или косвенно опрошенных мною биологов считают, что изучают не названия, а сущности. Никто ещё не объяснил мне убедительно, что стоит за каким-либо рангом таксона (за исключением вида в биологической концепции).

Работоспособность - странная штука. Система как таковая не работает, работают с ней. Работать, очевидно, можно по разному. Можно из системы извлекать "предсказания" о филогенезе, можно с её помощью ускорять поиск информации об интересующем объекте. Кто-то может ориентироваться на систему в качестве ориентира к поиску сходств, которые, наверное, как-то должны быть связаны с происхождением. Последнее применение не самое надёжное, но самое заманчивое. Если я затронул вопросы, не имеющие отношения к Вашему возражению, ответьте себе, что существеннее для Вас удобство системы или филогенетическая правдивость. Представьте, что возникает конфликт между двумя основополагающими принципами. В зависимости от того, в чью пользу Вы его разрешаете, остаётся один тот или иной руководящий принцип. Интуиции - скверный способ что-то доказывать: они у разных исследователей разные. Международные кодексы номенклатур очень разумно и не случайно не касаются того, как нужно систематизировать, в этих вопросах апелляции к ним бессильны.

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Да. Родовое название - неотъемлемая часть биномена. Это тяжёлое наследие номенклатурного характера. Оно удобно только для систематиков: делает борьбу их невидимого фронта более заметной для окружающих. Подавляющее большинство прямо или косвенно опрошенных мною биологов считают, что изучают не названия, а сущности.

Возвращаемся к долиннеевским временам?

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Нет. К постхенниговским. Я, наверное, слишком мало знаю о том, что привнёс в этот мир Линней, но я, может быть, слишком много времени у Вас отнимаю, коли получаю односложные ответы-намёки. Из них я не понимаю, в чём заключается долиннеевскость взглядов, которые я излагаю. Если для Вас этот разговор совсем непродуктивен и неинтересен, можно в любой момент его завершить.

[prokhozhyj.livejournal.com]

Да как-то с тем, что биноменальные названия – это одно из крупнейших достижений Линнея, позволившее превратить систематику из каши – в систематику, не спорит, по-моему, никто. То-есть, извиняюсь, не спорил последние 300 лет: теперь они, оказывается, "тяжёлое наследие номенклатурного характера".

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Ну, положим, биномен - не изобретение Линнея. Или Вы достижением называете популяризацию? Я уже писал про то, чем неудобен биномен, включающий в себя родовое название (а почему бы не название семейства? забываем о том, где был Латрейль при выходе соответствующего издания). А спорить с тем, что биномены сыграли ключевую роль в систематизации каши, бессмысленно: обе позиции спекулятивны. Кроме того, необратимые издержки, какими бы они ни были, не должны влиять на последующие решения. Допустим, в восемнадцатом веке без родового названия в видовом было не обойтись. Расскажите, пожалуйста, какой прок в нём в двадцать первом веке? Ответ, так или иначе сводящийся к тому, что переход к чему-то иному потребует очень больших усилий, не подходит: именно это я и называю наследием.

[prokhozhyj.livejournal.com]

 "Весь мир насилья мы разрушим
 До основанья, а затем..."

Что "затем", правда, не очень понятно...

[http://users.livejournal.com/mithril_/]

Это значит, что ответа я здесь не получу?

Я, между тем, никому не предлагаю рушить весь мир, а только лишь проверяю, насколько последовательны люди в своих взглядах. При этом разрушить можно только мировосприятие тестируемого. Тоже мир, скажет кто-то. Вы ведь не сомневаетесь в своём?

[prokhozhyj.livejournal.com]

А это был не ответ?

Нет, рушить весь мир, конечно, не предлагается. Только 300-летнию систематику, на которой соит современная... ну хорошо, не вся биология... допустим, макробиология, назовём её так. И я так и не понял, что предлагается взамен.

И причём тут мои взгляды? Вы желаете иметь суп из неидентифицируемых объектов – и в случае успеха имеете все шансы его получить. Вот дорастёт доля таких статей, как эта, про ламинарии, до некоего критического уровня – и получите.